Комментарии «Сарартха-даршини» - комментарий на «Шримад-Бхагаватам» (завершен в 1704 г.)
«Сарартха-варшини» - комментарий на «Бхагавад-гиту»
«Бхакти-сара-прадаршини» - на «Бхакти-расамрита-синдху» Рупы Госвами
«Ананда-чандрика» - на «Уджджвала-ниламани» Рупы Госвами
«Лалита-мадхавера-тика» - на «Лалита-мадхаву» Рупы Госвами
«Видагдха-мадхавера-тика» - на «Видагдха-мадхаву» Рупы Госвами
«Махати» - на «Дана-кели-каумуди» Рупы Госвами
«Хамсадута-тика» - на «Хамсадуту» Рупы Госвами
«Субодхини» - на «Аланкара-каустубху» Кави Карнапуры
«Сукха-варттини» - на «Ананда-Вриндавана-чампу» Кави Карнапуры
«Шри Чайтанья-чаритамритера-тика» - на «Чайтанья-чаритамриту» Кришнадасы Кавираджа (остался незавершенным)
«Премабхакти-чандрика-кирана» - на «Према-бхакти-чандрику» Нароттамы Даса Тхакура
«Брахмасамхитара-тика» - на «Брахма-самхиту»
«Бхакта-харшини» - на «Гопала-тапани-упанишад».
По мнению некоторых ученых, комментарии на «Лалита-Мадхаву» и «Видагдха-Мадхаву» принадлежат не самому Вишванатхе Чакраварти, а его ученику Кришнадеве Сарвабхауме («Видагдха-Мадхава-тика») и Радхакришне Дасу, ученику Дживы Госвами («Лалита-Мадхава-тика»).
Краткие изложения важнейших богословских трудов 1. «Уджджвала-ниламани-кирана» - краткий (16 небольших прозаических глав), в которых излагается суть «Уджджвала-ниламани» и исследуется психология взаимоотношений Божественной Четы и Их спутников.
2. «Бхакти-расамрита-синдху-бинду» - 27 небольших глав, в которых вкратце пересказывается «Бхакти-расамрита-синдху».
3. «Бхагаватамрита-кана» - 15 небольших фрагментов, в которых суммируется информация, представленная в «Лагху-бхагаватамрите» - работе, посвященной воплощениям и экспансиям Господа.
Авторские труды «Шри Кришна-бхаванамрита» (написана в 1679 году) - поэма из 20 глав и 1347 стихов на санскрите, описывающая Ашта-калия-лилу – игры Божественной Четы и Их спутников на протяжении дня.
«Санкалпа Калпа-друма» (написана в 1678 году) - молитва из 104 стихов на санскрите, обращенная к Шримати Радхарани, с просьбой о возможности служить Ей на Голоке Вриндаване. Часто публикуется как отдельное произведение, однако на самом деле входит в «Става-мала-лахари».
«Чаматкара-чандрика» - сборник коротких историй (четыре главы, 226 стихов) об озорных проделках Кришны.
«Према-сампута» (написана в 1684 году) - история о встрече Шримати Радхарани с Кришной, который переодевается богиней Дургой.
«Враджа-рити-чинтамани» - яркое и красочное описание духовной реальности Враджа – его растений, животных, гор, храмов, селений, рощ и озер.
«Гауранга-лиламрита» - стихотворение из 11 стихов на санскрите, описывающих ежедневные игры Господа Чайтаньи (каждый стих снабжен бенгальским поэтическим комментарием, написанным учеником Вишванатхи Кришнадасом).
«Чайтанья-расаяна».
«Рага-вартма-чандрика» - небольшой санскритский трактат в стихах и прозе, в котором объясняется поведение и чувства того, кто идет по пути спонтанного преданного служения.
«Мадхурья-кадамбини» - восемь «потоков нектара» в санскритской прозе. В них анализируются стадии, которые минует человек, восходя от шраддхи к преме.
«Айшварья-кадамбини» - не дошедший до наших дней труд, в котором, судя по всему, обсуждалась философия Двайта-вады.
«Гаура-гана-сварупа-таттва-чандрика» - своего рода «продолжение» «Гаура-ганоддеша-дипики» Кави Карнапуры. Здесь устанавливается вечная духовная роль различных преданных Гаудия-сампрадаи, которые пришли уже после Кави Карнапуры.
«Рупа-чинтамани» - санскритские стихи, описывающие точное расположение священных знаков на руках и стопах Господа Чайтаньи, Господа Нитьянанды и Адвайты Прабху. Другая работа с таким же названием, вошедшая в сборник «Ставамрита-лахари», описывает красоту Шри Шри Радхи-Кришны и знаки на Их стопах.
«Кшанада-гита-чинтамани» - первая в истории антология стихов и песен гаудия-вайшнавских поэтов, в которую вошли 309 произведений сорока пяти авторов – на санскрите, бенгали и враджа-бхули. Составляя эту антологию, Вишванатха Чакраварти включил в нее и 51 собственную песню, подписавшись именем «Хари-валлабха».
«Мантрартха-дипика» - небольшое произведение в прозе и стихах, в которых содержится детальное описание каждого из слогов Кама-гаятри-мантры (история, связанная с написанием этой книги, приводится ниже).
«Става-мала-лахари» - сборник из 29 стихотворений на санскрите. В их число входят: «Гуру-таттваштака», «Мантра-датри-гурваштака», «Парама-гурор-аштака», «Паратпара-гурор-аштака», «Парама-паратпара-гурор-аштака», «Шри Локанатхаштака», «Шри Нароттамаштака», «Шри Шачинандаштака», «Шри Сварупа-чаритамрита», «Свапна-виласамритам», «Шри Гопаладеваштака», «Шри Мадана-моханаштака», «Шри Говиндаштака», «Шри Гопинатхаштака», «Шри Гокуланандаштака», «Сваям Бхагавадаштака», «Шри Радха-кундаштака», «Джаганмоханаштака», «Анурагавалли», «Шри Вринда-деви-аштака», «Шри Вриндаванаштака», «Шри Радхика-дхьянамрита», «Шри Рупа-чинтамани», «Шри Нандишвараштака», «Шри Говардханаштака», «Шри Санкалпа-калпадрума», «Шри Никунджа-вирудавали», «Шри Сурата-катхамрита», «Шри Шьямакундаштака».